Zoll gab es bereits im dritten Jahrtausend vor Christus in den antiken Hochkulturen des alten Ägypten und im Orient. Die Steuereinnahmen dienten zur Deckung des Finanzbedarfes des Staates. Das Wort Zoll entstammt dem griechischen Wort „teloneum“ (Abgabe).
Das Hoheitsrecht über diese Einnahmen stand zunächst dem jeweiligen König zu. Diese bauten die eigene Zollhoheit bald zu Landes- und Stadtzöllen aus. Vom Gotenreich am Schwarzen Meer breitete sich der gotische Zollbegriff im 4. Jahrhundert als „mota“ (Maut) aus. Im Fränkischen Reich im 5./6. Jahrhundert setzte sich die spätlateinische Bezeichnung toloneum abgekürzt tol, später Tsol und dann in Zoll abgewandelt, durch.
Zoll im Mittelalter
Zölle wurden bis ins Mittelalter an so genannten Zollerhebungsstellen als Passierzoll für die Benutzung von Wegen, Brücken und Hafenanlagen bzw. Markteinrichtungen erhoben oder als Schutzzoll für den Handelsverkehr.
Nach dem Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) war das deutsche Zollgebiet in ca. 1240 Einzelgebiete zersplittert.
Im 17./18. Jahrhundert erhielt der Finanzzollgedanke unter dem Einfluss der Wirtschaftspolitik in der Zeit des Absolutismus immer größere Bedeutung als so genannte Schutzzölle zum Schutze der heimischen Wirtschaft vor unerwünschter Konkurrenz. Aufgrund hoher Zölle wurden billige ausländische Waren teurer und gleichwertige heimische Ware blieb auf diese Weise wettbewerbsfähig.
Der deutsche Zollverein
Als Folge des Wiener Kongresses (1815) ordnete Preußen 1818 das Wirtschafts- und Finanzsystem mit dem preußischen Zoll- und Verbrauchsteuergesetz neu. Die Zollerhebung wurde an die Außengrenzen Preußens verlegt. König Friedrich Wilhelm III. von Preußen ließ daraufhin Provinzial-
Steuer-Direktionen errichten. Als am 1. Januar 1834 der Deutsche Zollverein gegründet wurde, führte dies dazu, dass dem politischen Vielerlei des deutschen Staatenbundes die kompakte wirtschaftliche Einheit eines Zoll-Bundesstaates unter Führung Preußens gegenüberstand. Ziel des Zollvereins war die Schaffung eines wirtschaftlichen Binnenmarkts und die Vereinheitlichung fiskalisch-ökonomischer Rahmenbedingungen. Das einheitliche Vereinszollgesetz von 1869 wurde 1871 in Reichsrecht verwandelt.
1879 setzte unter Bismarck wieder eine verstärkte Schutzzollpolitik, insbesondere gegen englische Waren ein.
Zoll vom Dritten Reich bis zur Gegenwart
Diese Praxis wurde 1939 vom Zollgesetz abgelöst, das nachfolgend von 1961 bis zur Einführung des Zollindexes 1994 mit der Vollendung des europäischen Binnenmarktes galt. Am 1. Januar 1993 wurde schließlich ein einheitlicher Wirtschaftsraum in Europa geschaffen, ohne Grenzen für alle Waren.
Der erste Schritt dazu wurde bereits am 30. Oktober 1947 unter dem Dach der UN mit dem Abschluss des „General Agreement on Tariffs and Trade, GATT“ (dt. Allgemeines Zoll- und Handelsabkommen) eingeleitet. Ziel war die Ausweitung des weltweiten Warenverkehrs, ohne Zollbelastung und Handelsschranken. Das GATT von 1947 wurde erst am 1. Januar 1995 von der Welthandelsorganisation WTO abgelöst. Die Gründung einer Zollunion durch Frankreich, Belgien, Niederlande, Luxemburg, Italien und der Bundesrepublik Deutschland zur Europäischen Wirtschaftsgemeinschaft (EWG) im Jahr 1968 kennzeichnet einen weiteren wichtigen Schritt in diese Richtung. Alle Mitgliedsstaaten erklärten sich damals bereit, ihre nationalen Zölle abzuschaffen und in einen einzigen Zolltarif für die Europäische Gemeinschaft (EG) gegenüber Drittländern zusammenzufassen. Damit gewährleistet war, dass alle in die Gemeinschaft eingeführten Waren der gleichen Zollbehandlung unterlagen, bedurfte es einer Änderung des Zollrechts. Ein wesentlicher Schritt, war 1988 die Einführung einer einheitlichen Zollanmeldung, das so genannte „Einheitspapier“. Es trat an die Stelle von ca. 150 (!) bis dahin von den verschiedenen Zollverwaltungen der Mitgliedsstaaten verwendeten Papieren. Mit der Wiedervereinigung der Bundesrepublik Deutschland (BRD) mit der Deutschen Demokratischen Republik (DDR) am 3. Oktober 1990 wurde das Zollgebiet der EG um das ehemalige Zollgebiet der DDR erweitert.
Seit der Vollendung des Europäischen Binnenmarktes am 1. Januar 1993 unterliegt der Handel im Binnenmarkt in der Europäischen Union (EU) keinen Zollkontrollen mehr. Entlang der gesamten Außengrenze zu den so genannten Drittländern, Häfen und Flughäfen, nimmt der Zoll seine klassischen Aufgaben aber weiterhin wahr.
Die größte Erweiterung der EU fand am 1. Mai 2004 statt: Zehn weitere Staaten traten der EU bei.